Penjaminan mutu di STPKat SFA dilaksanakan melalui sistem penjaminan mutu internal, yang dikelola oleh lembaga penjamin mutu. LPM STPKat SFA memiliki struktur organisasi terdiri dari Ketua LPM, Sekretaris LPM, Gugus Pengendali Mutu PKK dan Gugus Pengendali mutu PPG. Pelaksanaan penjaminan mutu setiap semester dilakukan oleh Gugus pengendali mutu Prodi PKK, agar pelaksanaan Tri Dharma Prodi dapat terkoordinasi dan termonitor. Gugus pengendali mutu Prodi berkoordinasi dengan cara melaporkan hasil monitoring kepada Ketua LPM. Pelaksanaan audit dilakukan secara internal setiap tahun.