Sistem penjaminan mutu internal merupakan proses penetapan dan pemenuhan standar mutu pengelolaan secara konsisten dan berkelanjutan yang meliputi:
- Penyusunan standar dan rambu-rambu sistem penjaminan mutu internal STPKat St.Fransiskus Asisi;
- Pelaksanaan monitoring dan evaluasi internal (monevin) terhadap proses pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat serta pelayanan, program pengembangan akademik, di Sekolah Tinggi;
- Pelaksanaan evaluasi dan audit internal terhadap mutu akademik secara bertahap dan berkelanjutan;
- Pelaksanaan pembinaan terhadap unit-unit penjaminan mutu Sekolah Tinggi yang berkaitan dengan pelaksanaan penjaminan mutu;
- Pengembangan sistem manajemen mutu penyelenggaraan Perguruan Tinggi di tingkat Sekolah Tinggi (pendidikan, penelitian dan pemberdayaan masyarakat, administrasi dan manajemen), termasuk model sistem dan instrumen yang diperlukan dalam penjaminan mutu;
- Penetapan dan penerapan standar mutu penyelenggaraan Sekolah Tinggi serta melakukan evaluasi secara berkala tingkat pemenuhannya.